Según las palabras de Adrián Valadés, un personaje de la época, la Casa de Gobierno era un “edificio de elegante apariencia, bastante amplio y cómodo, en el cual radican los poderes locales, los archivos y el cuartel para la fuerza de guarnición en la plaza”. La fachada principal del edificio, detalladamente dibujada por el agrimensor José María Martínez el 30 de marzo de

1892, mostraba las oficinas del Gobierno Político y el Jefe de Armas en el lado izquierdo, y las del Tribunal Superior de Justicia en el lado derecho, junto con salas de trabajo y salas del Juzgado de Primera Instancia. Cada lado de la fachada tenía seis ventanas, además de la puerta principal en el centro. En la segunda planta, se destacaba un frontispicio con un remate triangular, sobre el cual se encontraba el asta de la bandera sostenida por dos columnas a cada lado y apoyos oblicuos en forma de sostenes. En la parte central de la fachada se ubicaba el reloj, sobre el cual se encontraba el águila republicana, y debajo de él se leía el nombre Casa de Gobierno.

Esta estructura arquitectónica que albergó las oficinas gubernamentales del Territorio de Baja California Sur permaneció en pie hasta 1963. En ese año, se completó la construcción de la nueva sede del Poder Ejecutivo, que pasó a conocerse como el Palacio de Cantera. Este nuevo edificio se erigió bajo la administración del General Bonifacio Salinas Leal,  quien gobernaba el Territorio de Baja California Sur en ese momento. El Palacio de Cantera se ubica en la calle Isabel la Católica, entre Nicolás Bravo e Ignacio Allende, lo que implicó el cierre de la calle Rosales.

El antiguo edificio de la Casa de Gobierno fue demolido por orden del mismo gobernador. Sin embargo, se decidió conservar parcialmente su fachada, y la réplica parcial se construyó por iniciativa del Licenciado Ángel César Mendoza Arámburo, quien gobernó el Estado de Baja California Sur de 1975 a 1981. Esta decisión respondió a un deseo compartido por la comunidad de preservar un símbolo importante de la historia local. La fachada principal de la réplica se basó en los planos originales, respetando cuidadosamente los detalles interiores. La inauguración de esta réplica parcial tuvo lugar el 30 de marzo de 1981.

A lo largo de su historia, la Casa de Gobierno albergó diversas funciones. En el ala izquierda del edificio, originalmente se estableció una sala de exhibición permanente de murales y óleos que representaban eventos y figuras históricas de Baja California Sur. Por otro lado, el ala derecha fue ocupada por la Biblioteca Pública Bilingüe Las Californias, especializada en la historia regional. Además, el edificio sirvió como la sede oficial de los Cronistas del Estado, una posición que ocuparon destacados individuos como Alejandro D. Martínez, Profr. Eligio Moisés Coronado y Sergio Morales Polo a lo largo de las décadas. A partir de 1999, el edificio comenzó a ser remodelado nuevamente. El ala izquierda se convirtió en la oficina del Instituto Sudcaliforniano de la Juventud, que permaneció en ese espacio hasta julio de 2009. Durante este tiempo, por decisión gubernamental, se clausuró la Biblioteca de las Californias. En la segunda mitad del año 2009, el edificio experimentó una nueva remodelación para convertirse en la sede de la Dirección de Culturas Populares e Indígenas, que se puso en funcionamiento el 15 de septiembre de 2010, en el marco de las celebraciones del Bicentenario de la Independencia de México y el Centenario de la Revolución Mexicana.